Можно использовать какую-нибудь глобальную переменную.
Перед программным вызовом устанавливать эту переменную в true, а после - сбрасывать в false
bool bIsProg=false;
.....
bIsProg=true;
LabelClick(...);
bIsProg=false;
а в самом обработчике нажатия сделать дополнительную проверку этой глобальной переменнной
if((CheckBox1->Checked)&&(!bIsProg)) return;